Reserva de la Biosfera es un archipiélago de bosques

La Reserva de la Biósfera Estación Biológica del Beni ocupa la región de llanuras aluviales de inundación estacional del sudoeste del Departamento del Beni, entre las provincias Yacuma y Ballivián.

Los municipios involucrados son San Borja y Santa Ana del Yacuma. La topografía es esencialmente plana con escasas diferencias de relieve en grandes extensiones.

La cuenca fluvial más importante es la del río Maniqui que nace en la región subandina y es tributario del río Mamoré. La Reserva de la Biósfera Estación Biológica del Beni tiene una típica posición biogeográfica insular, es decir es un archipiélago de bosques aluviales rodeados de sabanas y humedales; se encuentra en la subregión biogeográfica del bosque húmedo del madeira.

La superficie de la Reserva de la Biósfera Estación Biológica del Beni es de 135.274 hectáreas y se encuentra a una  altitud promedio es de 220 metros sobre el nivel del mar.